Der Erfolg von Chapoutier beruht auf drei Prinzipien:
Er hat seine Rebberge konsequent auf biodynamischen Anbau umgestellt. Chapoutier ist dem "Syndicat International des Vignerons en Culture Bio Dynamique" angeschlossen, das in den Zielen viel weiter geht als das heutige BIO, das nur die Chemie-Zufuhr reglementiert. Das Syndicat orientiert sich an den 1924 (!) definierten Prinzipien von Rudolf STEINER. Chapoutier ist überzeugt, mit dem erreichten Gleichgewicht die Rebe so zu stärken, dass sie sich gegenüber feindlichen Einflüssen (Pilze, Parasiten, Insekten) selbst verteidigen kann. Unterstützt werden die Rebstöcke mit Aufgüssen und Absüden von Heilkräutern mit homöopathischen Extrakten. So kann Chapoutier Trauben mit den einmaligen Charakteristiken und Elementen des jeweiligen Terroirs ernten.
 
Er bevorzugt Weine, die aus einer einzigen Rebsorte gekeltert werden. Chapoutier erzeugt seinen Châteauneuf-du-Pape  nur aus Grenache. Seine grösste Kunstfertigkeit beweist er allerdings unbestritten im Umgang mit der Syrah-Traube in der nördlichen Rhône.
 
Er hat in den letzten zehn Jahren eine ganze Serie von Einzellagen-Spitzencrus selektioniert. Bei Chapoutier dürfte es sich um den weltweit besten Syrah-Produzenten handeln, wenn auf die Bewertungen der internationalen Weinpresse abgestellt wird. Wegen der minimalen Mengen, die davon erzeugt werden (oft weniger als 5'000 Flaschen) und der hohen Bewertungen von Wine Advocate und Wine Spectator, erzielen diese Kultweine astronomische Preise. Zu den bekanntesten dieser Prestige-Crus gehören Le Pavillon, Le Méal und L'Ermite, die in den Hügeln des Hermitage reifen. Sie stammen von bis zu 100-jährigen Reben und die Erträge sind mit 8 bis 20 Hektoliter pro Hektar unglaublich gering. Die meist in neuem französischem Eichenholz ausgebauten Weine zeigen eine unglaublich saftige, dunkelbeerige Frucht, gepaart mit Aromen von Gewürz, Veilchen und Tabak.
Ein ähnlich grosses Engagement wie für die Syrah-Traube, zeigt Michel Chapoutier übrigens auch für die weisse Traubensorte Marsanne, aus der er ebenso rare Spitzen-Selektionen keltert. Seine weissen Hermitage Le Méal oder Cuvée de l'Orée sind so komplex und lagerfähig wie die besten Burgunder.